免疫係統的功能是保護動物體不受外來物和傳染性微生物影響。它對病原體發生特異性反應並且對之前接觸過的致病原具有長期記憶功能。免疫係統包括兩個功能組成部分:

非特異性防禦 (固有性或非適應性免疫係統)

特異性防禦 (適應性免疫係統)

非特異性防禦可通過各種物理、生化和細胞屏障(皮膚、粘膜、溶菌酶、補體和吞噬細胞)來阻止許多致病原侵入和擴散。其不會因為重複感染相同致病原而得到加強。

特異性防禦可用於抵抗並清除有害物。適應性免疫係統包括各種細胞和分子，其中淋巴細胞和免疫球蛋白是關鍵組成部分。淋巴細胞合成細胞表麵受體或分泌與外來分子發生特異性結合的蛋白。這些分泌的蛋白被稱為抗體。凡可與抗體結合的分子皆稱為抗原(抗體產生器)。“免疫球蛋白”一詞可與“抗體”交換使用。

 抗體反應

抗體與抗原的相互作用形成了所有免疫化學技術的基礎。抗體中與抗原反應的區域被稱為抗體結合部位。抗原中與抗體作用的區域稱為表位。親和力是衡量表位與抗體結合強度的指標。親合力是衡量抗體與抗原複合物的整體穩定性的指標。
 淋巴細胞不斷從骨髓的祖細胞產生。可將淋巴細胞分為三個基本類型來說明免疫係統的大部分功能：

B 細胞

細胞毒 T 細胞 (TC 細胞)

輔助 T 細胞 (TH 細胞)
適應性免疫反應可由體液或細胞介導。B 淋巴細胞在輔助 T 細胞的輔助下介導體液免疫反應。細胞介導性免疫反應包括使細胞毒 T 細胞與外來細胞或感染細胞相結合，然後將這些細胞溶解。輔助 T 細胞也參與了細胞介導性免疫反應。

所有三種淋巴細胞均攜帶有可與抗原結合的細胞表麵受體。免疫係統的特異性表現在一種細胞隻能識別一種抗原。所有的抗原受體均為糖蛋白並且這些過程確保了任何一種細胞內都隻能合成一種受體。

抗體反應是巨噬細胞、T 淋巴細胞和 B 細胞之間一係列作用的結果。抗原提呈細胞（APC，即巨噬細胞、朗格漢斯細胞、樹突細胞、淋巴結和單核細胞）首先吞噬抗原，然後在胞內將抗原部分降解。抗原片段與名為 MHC II（主要組織相容性複合物）的細胞表麵糖蛋白結合後，以複合物形式呈現於 APC 表麵上。MHC 分子有兩類：I 類 MHC 在大多數細胞的表麵上表達，II 類MHC 隻在抗原提呈細胞表麵上表達。這種抗原-MHC II 複合物可促使輔助 T 細胞與 APC 結合，從而造成輔助 T 細胞發生增殖。然後 T 細胞與 B 細胞上的 MHC 複合物結合，造成 B 細胞發生增殖和分化。B 細胞轉化為漿細胞而分泌出大量的細微調節抗體。部分 B 細胞則轉化為記憶細胞，以便為日後病原體的入侵做好準備。